反滲透膜在運行時，進水中含有懸浮物、溶解性物質、有機物以及微生物繁殖等原因都會造成反滲透膜元件的污染。當反滲透膜元件受到污染時，往往通過清洗來恢復反滲透膜元件的性能。清洗的方式一般有物理清洗（沖洗）和化學清洗（藥品清洗）。

       一、物理清洗（沖洗）
       物理清洗（沖洗）是不改變污染物的性質，采用低壓大流量的進水沖洗反滲透膜元件（通常8英寸膜元件的單支壓力容器的沖洗流速為8.2~12m³/h，4英寸膜元件的單支壓力容器的沖洗流速為2~2.9m³/h，沖洗壓力控制在0.3MPa以下），沖掉附著在反滲透膜元件表面的污染物，恢復反滲透膜元件的性能。吸附性低的粒子狀污染物，可以通過物理清洗（沖洗）的方式達到一定的效果，像微生物污染這種對反滲透膜的吸附性強的污染物使用沖洗的方法很難到達預期效果。

       二、化學清洗（藥品清洗）
       當發生以下情況時，通過物理沖洗的方式已經不能使反滲透膜元件的性能恢復，此時就需要采用化學清洗（藥品清洗）。
       1、標準條件下，反滲透膜元件的產水量下降10~15%；
       2、標準化后的壓差，即進水和濃水之間的壓差增加15%；
       3、標準化后的產水水質下降10~15%。
       當判斷反滲透膜元件已經發生污染時，應及時進行化學清洗（藥品清洗），否則當反滲透膜元件發生重度污染時，會因化學藥劑不易深入滲透至污染層，且污染物也不易被沖出反滲透膜元件外等因素而影響化學清洗（藥品清洗）效果。如果反滲透膜元件的性能降低至正常值的30~50%時，很難通過化學清洗（藥品清洗）恢復到反滲透膜元件的初始性能。
       反滲透膜元件的化學清洗（藥品清洗）周期應根據實際污染情況而定，一般是3~12個月化學清洗（藥品清洗）一次。如果在1個月內就需要進行化學清洗（藥品清洗）一次，則需要改善預處理或重新設計反滲透系統；如果化學清洗（藥品清洗）的周期在1~3個月一次，則應側重于調整和優化現有的反滲透系統的運行參數。過于頻繁的化學清洗（藥品清洗）反滲透膜元件，會造成反滲透膜元件性能不可逆的衰減。即使反滲透系統長期沒有發生污染，為了更好的保證系統正常運行，一般也應考慮每6個月進行一次化學清洗（藥品清洗）。
       不同的污染物應采用不同的清洗藥劑，由于污染發生時通常不是只有一種污染物，因此化學清洗（藥品清洗）需要包括高pH值清洗和低pH值清洗兩大步驟。一般來說，應先采用高pH值清洗油類和微生物污染，然后采用低pH值清洗無機垢類或金屬氧化物污染。如果選擇清洗藥劑不當，或清洗順序不當，可能會使污染惡化。
       在化學清洗（藥品清洗）過程中，污染物會消耗清洗藥劑，pH值會發生變化，藥品的清洗能力會降低，因此要隨時監測清洗藥劑的pH值的變化，及時調節pH值。一般測定pH值偏離于設定pH值0.5以上時，需要調加清洗藥劑。